مرکز تحقیقات پزشکی مولکولی رفسنجان در دهم آبان‌ماه سال 1388 موفق به اخذ مجوز اصولی تأسیس از سوی وزارت بهداشت شد. در طی این سال‌ها این مرکز مجهز به بسیاری از تجهیزات پیشرفته جهت انجام پرو‍ژه‌ها و طرحهای تحقیقاتی گردید و هم اکنون دانشجویان با استفاده از توانایی‌های علمی و تخصصی اساتید مجرب مشغول انجام طرحهای تحقیقاتی خود در این مرکز می‌باشند و این مرکز در زمینه انجام پروژه‌های تحقیقاتی بسیار فعال می‌باشد.
گرایش‌های پژوهشی مرکز تحقیقات پزشکی مولکولی:
پژوهش در زمینه‌های سرطان، دیابت، کموکاین‌تراپی و سایتوکاین‌تراپی، ژن‌درمانی ، بیماری مولتیپل اسکلروزیس و مدل حیوانی این بیماری (EAE)، بیماری پارکینسون، آرتریت روماتوئید، لوپوس، ناباروری و حفظ باروری.
اولویت‌های پژوهشی مرکز تحقیقات پزشکی مولکولی:
♦ مطالعه مکانیسم‌های مولکولی مسیرهای آپوپتوز، سیکل سلولی، و نامیرایی در مراحل آغاز و پیشرفت سرطان
♦ انجام مطالعات پایه و پیش‌کلینیک در زمینه تولید داروهای گیاهی
♦ مطالعه اثرات داروهای گیاهی بر بیماریهای مختلف از جمله سرطان، دیابت ، قند خون و بیماریهای سیستم عصبی مرکزی و اتوایمیون در مدل سلولی و حیوانی
♦ مطالعه اثرات ضد سرطانی و ضد میکروبی داروهای نانو شیمیایی
♦ بررسی پروفایل بیانی ژن های مرتبط با اپی‌ژنتیک
♦ بررسی تأثیر عصاره‌های گیاهی بر سرطان در مدل سلولی و حیوانی
♦ بررسی فراوانی پلی‌مورفیسم‌های عملکردی موجود در پروموتور ژن‌های مرتبط با سرطان
♦ ساخت داروی شیمیایی سنتتیک (ترکیب ایندولی) و بررسی اثر آن در مدل سلولی و حیوانی
♦ مطالعات مرتبط با تعیین شیوع و فراوانی سرطان‌های مختلف
♦ ساخت نانولیپوزوم ها و بررسی در مدل حیوانی بیماری جهت انجام طرحهای تحقیقاتی
♦ مطالعات مرتبط با تأثیر داروهای گیاهی در درمان بیماریهای غیرواگیر (سرطان‌ها و اختلالات عصبی) در مدل حیوانی
♦ بررسی وضعیت جهش‌های ایجاد شده در ژن‌های مرتبط با سرطان
♦ مطالعه در زمینه مکانیسم‌های مؤثر بر بیماری مولتیپل اسکلروزیس و مدل حیوانی این بیماری ( EAE)
♦ مطالعه اثرات درمانی سلولهای بنیادی مزانشیمی در درمان بیماری MS و سرطان
♦ مطالعات مربوط به بررسی تغییرات سطح سرمی کموکاین و سایتوکاین‌های مرتبط با بیماریهای مورد مطالعه
♦ ساخت دارو از پپتیدهای پسته و بررسی اثر آن بر پروفایل لیپیدی در مدل حیوانی
♦ بررسی پروفایل بیانی ژن‌های مرتبط با سرطان مربوطه بعد از درمان با داروهای گیاهی
♦ مطالعات مرتبط با باروری آزمایشگاهی، حفظ باروری در حیوانات آزمایشگاهی
♦ ساخت داروی ترکیبی گیاهان ضد توکسوپلاسموزیس و بررسی تأثیر آن در مدل حیوانی
♦ مقایسه بیان ژن‌های مرتبط با تکامل در جنین های تشکیل‌شده در داخل بدن و داخل آزمایشگاه
♦ بررسی تأثیر عوامل سمی بر روی گامت و بافت‌های گنادی
♦ بررسی بهترین روش برای فریز جنین تخمک و اسپرم و بافت‌های تخمدان و بیضه
♦ بررسی تأثیر فریز به روش شیشه‌ای بر روی بیان ژن
♦ بلوغ آزمایشگاهی تخمک نابالغ